Спустя некоторое время после второй части, главный герой снова попадает в историю. Убегая от хулиганов в школе, в которую только перевёлся, Бастиан забегает в школьную библиотеку, где находит книгу «Бесконечная история», с помощью которой перемещается в страну Фантазию. Но все бы ничего, но хулиганы случайно находят книгу и поняв в чем дело, пытаются помешать Бастиану вернуться обратно в наш мир, а так же приводят страну Фантазию к катастрофическому разрушению. Бастиан при помощи своих старых друзей пытается спасти страну Фантазию от школьных хулиганов.